Das Gebiet um den Blautopf und die Blau liegt im Landschaftsschutzgebiet „Blaubeuren“ und enthält das Naturdenkmal „Blautopf“ und das geschützte Biotop „Waldbestand am Blautopf“. Hier beginnt auch das FFH-Gebiet „Blau und Kleine Lauter“, das sich bis Ulm erstreckt. Ein FFHGebiet basiert auf der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie der EU und ist ein wertvoller Lebensraum von Tieren und Pflanzen mit europaweiter Bedeutung.
Zu den geschützten Tierarten, die es bei der Blautopf-Sanierung zu beachten gilt, gehören Fledermäuse, Fische wie Groppe und Bachneunauge sowie Vogelarten wie die Wasseramsel und die Gebirgsstelze. Aufgrund der erforderlichen Bautätigkeiten verlieren einige dieser Vögel ihre Neststandorte, die Fledermäuse verlieren ihre sogenannten „Quartiere“. Deshalb wurden als Ersatz Vogelnistkästen und Fledermauskästen aufgehängt. Während der Vogelbrutzeiten sowie während der Fisch-Laichzeiten werden die Bauarbeiten in den betreffenden Abschnitten pausieren.
Auch der Waldbestand am Blautopf darf als geschütztes Biotop durch die Baumaßnahmen selbstverständlich nicht erheblich beeinträchtigt oder gar zerstört werden.
Um allen fachlichen Erfordernissen und gesetzlichen Vorgaben des Natur- und Artenschutzes gerecht zu werden, arbeitet das Projektteam der Stadt eng mit dem Bündnis für Artenvielfalt zusammen, in dem sich u. a. BUND, NABU und Schwäbischer Albverein engagieren. Das Bauvorhaben wurde im Vorfeld eingehend behördlich geprüft, es wurden ein artenschutzrechtliches Gutachten und eine FFH-Verträglichkeitsabschätzung erstellt. Darüber hinaus findet eine ökologische Baubegleitung der Arbeiten am Areal statt.